依據所得稅法第六十六條之一規定，原則上凡依我國所得稅法規定課徵營利事業所得稅的營利事業，都須設置股東可扣抵稅額帳戶，記錄營利事業應納且已納的所得稅額，並據以計算可分配予股東的可扣抵稅額，不過下列三種組織的營利事業，或因不得分配盈餘，或因分配方式與一般公司不同，故
可免設置股東可扣抵稅額帳戶：
一、總機構在中華民國境外的營利事業：總公司在國外的公司，其在台分支機構的營業盈餘都要匯回國外總公司，在我國不會有盈餘分配的情形，因此免設置股東可扣抵稅額帳戶。
二、獨資、合夥組織的營利事業：獨資、合夥事業在繳納營利事業所得稅的當年度，盈餘即直接歸併課徵其資本主或合夥人的綜合所得稅，並以所繳納的營利事業所得稅全數扣抵應納的綜合所得稅 ，由於繳稅與抵稅皆在同一年度，因此也免設置股東可扣抵稅額帳戶。
三、依所得稅法第十一條第四項規定的教育、文化、公益、慈善機關或團體及依其他法令或組織章程規定，不得分配盈餘的團體或組織：例如農、漁會或民間公益組織，依規定不得分配盈餘，並不適用兩稅合一制，因此也免設置股東可扣抵稅額帳戶。
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