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該局舉例說明，甲公司87年10月19日經核准設立，其乙員工於88年3月31日至89年5月18日間研究3項發明，並將該3項發明之專利申請權無條件讓與甲公司，由甲公司向經濟部智慧財產局提出3項發明專利之申請；嗣後甲公司分別於90年6月16日、同年7月21日及91年4月21日獲准取得3項專利權。91年6月28日甲公司與乙員工雙方簽訂入股契約，約定由甲公司發行面額60,000,000元之股份予乙員工，作為取得該3項產品專門技術之對價，經所轄國稅局以投資作價之員工並未取得專利權，該專門技術並無攤折費用之適用，否准認列。甲公司不服，主張其於系爭3項發明陸續獲准取得專利權後，即依約發行股份予乙員工，自屬出價取得系爭專利權，得依所得稅法第60條規定將之認列為無形資產並依法定年限提列攤折額云云，申經復查及提起訴願、行政訴訟均遭駁回，循序提起上訴，經最高行政法院裁定駁回甲公司上訴。

法院判決理由略以，專利申請權與專利權均得為讓與之標的，惟二者仍屬有別，營利事業以專門技術作價，如未取得專利權，形式上即不屬所得稅法第60條無形資產之範圍，且營利事業通常無法充分控制專門技術所產生之未來經濟效益，其客觀上之經濟價值及可使營利事業獲得之經濟效益實難以認定，更無法定享有之年數可為估計攤折之標準，基於租稅法定、明確及公平原則，避免租稅規避，自不宜將所得稅法第60條規定之無形資產，擴張解釋為包括專門技術在內，始符合其立法原意。

該局特別呼籲，營利事業列報專利權攤折時，應以所得稅法第60條規定出價取得之營業權、商標權、著作權、專利權及各種特許權等5項無形資產為限，不包括專利技術，以免遭剔除補稅，影響自身權益。