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一、 公司以股份為對價進行合併，其合併基準日在98年1月1日以後者，合併消滅公司所取得之合併對價超過其全體股東之出資額，其股東所獲分配該超過部分之金額，應視為股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅
二、 上述股份對價之價值，應依所得稅法第65條規定，以時價或實際成交價格為標準計算之
三、 消滅公司個人股東如主張其經收回註銷股票之取得成本高於上揭出資額標準，可依本部97年2月20日台財稅字第09704510660號令規定辦理
四、 本部72年3月23日台財稅第31904號函及92年6月10日台財稅字第0920453015號函，於合併基準日在98年1月1日以後合併之案件，不再適用。本部97年1月4日台財稅字第09604558950號令自即日起廢止
考量本解釋令乃屬課稅見解之重大變更，以及企業合併決策及進行過程需經一段時間歷程，爰予適度提供緩衝期間，明定合併基準日在98年1月1日後之合併案件始適用之。另因股東之股利所得中已包含合併資產增值部分，固定資產之增值已涵蓋在內，且消滅公司因合併產生之資產增益究其性質為清算利益
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