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財政部臺北市國稅局表示，公司合併基準日在97年1月1日以後，且採購買法之會計處理，合併存續公司取得消滅公司之固定資產，經依公平價值入帳，並取具評價報告、合併契約及股東會決議等證明文件，經稽徵機關查核屬實者，合併存續公司得以該價格為入帳基準，並依規定提列折舊。

該局說明，依所得稅法第65條規定，營利事業在解散、廢止、合併或轉讓時，其資產之估價，以時價或實際成交之價格為標準。是營利事業辦理合併時，其資產之估價，應依前揭規定辦理。惟固定資產（土地及建築物除外）、無形資產、遞耗資產等時價無從查考者，依財政部97年1月4日台財稅字第09604558950號函釋規定，其合併基準日在97年1月1日以後者，以採購買法之會計處理，合併存續公司取得消滅公司之固定資產，經依公平價值入帳，並取具評價報告、合併契約及股東會決議等證明文件，經稽徵機關查核屬實者，合併存續公司得以該公平價值為準，依所得稅法第50條規定提列折舊費用；另合併消滅公司應以該公平價值作為實際成交價格，據以計算合併消滅公司處分資產之損益，依所得稅法第75條規定辦理合併當期決算申報。

該局指出，財政部66年9月6日台財稅第35968號函釋之規定，於合併基準日在97年1月1日以後之合併案件，不再適用。