配合99年5月12日制定公布之產業創新條例僅保留研究發展支出投資抵減優惠，立法院於同年5月28日三讀通過所得稅法第5條及第126條條文修正案，自99年度起，營利事業所得稅稅率由20%再度調降為17%，使我國長期提供各種租稅優惠措施造成之所得稅稅基侵蝕、產業間所得稅負擔不公、稅制複雜及徵納雙方爭議等問題得以紓解，進一步貫徹「輕稅簡政」之改革理念。財政部研析，上開租稅改革措施對整體稅收、吸引外資（投資）及產業競爭力、經濟景氣之影響如下：
壹、對整體稅收之影響
營利事業所得稅稅率自20%調降為17%，惟租稅優惠限縮為研究發展支出投資抵減乙項，估計營利事業所得稅總稅收約減少新臺幣(以下同)343億元。
透過賦稅改革帶動整體經濟及產業發展，增加我國廠商及外商投資意願，進而創造國民就業機會，間接促使股利及薪資所得之成長，將有助於營利事業所得稅及綜合所得稅稅基之擴大；
此外，提供研究發展租稅獎勵，可促進產業升級，促使廠商從事高附加價值之研發活動，對稅收亦有回饋效益。
貳、對吸引外資（投資）及產業競爭力之影響
一、相較於亞太鄰近國家（如中國大陸25%、新加坡17%、韓國22%等），營利事業所得稅稅率降為17%，將大幅提升我國之租稅競爭力，在促進經濟發展相關條件配合改善之情形下，可吸引外資來臺投資意願，進而帶動整體經濟及產業發展，創造國人就業。
二、構建「輕稅簡政」之所得稅環境，可大幅提升企業經營效率，營造徵納雙贏局面。
叁、對經濟景氣之影響
一、對中小企業及傳統產業之影響
透過營利事業所得稅稅率之全面調降，租稅減免利益由近70萬戶之營利事業所共享，改善租稅優惠過度集中於特定產業之情形，有助產業間稅負分配公平化，以衡平中小企業及傳統產業之發展。
二、對就業之影響
依據經濟部研析意見指出，每減稅100萬元，可創造一個工作機會，降稅及提供研究發展支出投資抵減之稅收影響數約為343億元，透過促進投資效果將增加3.43萬人之就業機會
財政部表示，本項修法案經 總統公布施行後，營利事業辦理99年度決、清算申報或暫繳申報時，即可適用修正後之稅率計算繳納決、清算應納稅額或暫繳稅額。
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