財政部指出，企業併購法之實施，提供企業重組整併之法源，並提供適當租稅優惠措施，以鼓勵企業基於追求效率與成長進行併購，提升企業之國際競爭力。因此，企業併購法提供租稅優惠措施係為適度排除併購障礙，以免妨礙併購之進行，倘營利事業藉形式上之併購以獲取租稅利益者，依實質課稅原則，自不得適用該法相關租稅優惠。
該部以實際案例說明，乙公司公平價值僅2億元，惟甲公司以12億元(溢價10億元)購買乙公司100％股權，帳列長期股權投資12億元。
甲公司並在短期內將其對乙公司之長期股權投資分割新設立一丙公司，並轉讓其持有乙公司全數股份予丙公司，換得丙公司全部發行新股，在原有投資架構甲公司與乙公司之間增加丙公司。
旋即再將乙公司與丙公司合併，以乙公司為存續公司，丙公司消滅，此時，又回復甲公司直接持有乙公司股權之最初投資架構。
財政部表示，該企業於短期間內經由上開「分割」及「合併」之調整，其架構與「分割」及「合併」前相同，均為甲公司直接持有乙公司股權，並無任何改變，自無從提升經營綜效;該企業進行分割再合併之考量，係因企業併購法第35條規定，公司進行併購而產生之商譽，得於15年內平均攤銷，因此，透過丙公司再與乙公司合併，將丙公司對乙公司之長期股權投資科目沖銷，並將甲公司購買乙公司之溢價(10億元)，變成存續乙公司帳上之10億元商譽，以獲取按15年平均攤銷該10億元費用之租稅利益，倘該企業未進行前述一連串形式併購，依現行所得稅法規定，並無商譽攤銷之適用，是藉由形式之併購謀取租稅利益之意圖至為明顯。
此類案件，稽徵機關將依實質課稅原則並參考企業併購法意旨予以查核調整。
財政部說明，政府對併購案件均詳加審核，企業基於租稅利益進行形式併購，不但無法達到減輕稅負目的，反徒增規劃成本，對於企業並無實益。
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