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該局表示，公司99年度給付外籍勞工之薪資所得，究應按6%或18%扣繳稅款，應先判斷外籍員工於課稅年度內之身分別係屬「中華民國境內居住之個人」或「非屬在中華民國境內居住之個人」，才能決定該名外籍勞工所適用之扣繳率。

該局進一步說明，外籍勞工如經核准居留期間於99年度可滿183天者，則該名員工所適用扣繳率為6%；反之，未滿183天者，全月薪資給付總額在行政院核定每月基本工資1.5倍以下者，按給付額扣取6%，超過行政院規定標準者，按給付額扣繳18%，且無每次應扣繳稅額不超過新臺幣2仟元者，免予扣繳之適用，同時應於給付之日起10日內將所扣稅款向國庫繳清，並開具扣繳憑單，向該管轄國稅局申報核驗。若未依照上述規定期限內填報者，稽徵機關除限期責令公司補報外，還會依所得稅法第114條規定處罰。

舉例說明：

甲公司聘用3名外籍員工，假設A君因工作或職務核准居留期限至99年8月1日到期、B君及C君居留期限為4月30日，則A君99年度之身分別為『中華民國境內居住者』，B君及C君因於99年度未滿183天，故其身分別為『非中華民國境內居住之個人』，甲公司99年1月5日給付應稅薪資所得分別為20,000元、25,000元及40,000元，則扣繳義務人給付時應代扣扣繳稅款分別為0元、1,500元、7,200元，甲公司應於1月14日前繳清代扣B君及C君扣繳稅款及向扣繳單位所在地稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單，另A君部分則應於次年1月底前向稽徵機關申報免扣繳憑單。