行政院函請立法院審議為建立噸位稅制度及反自有資本稀釋課稅制度之「所得稅法部分條文修正草案」，
業經立法院於本(100)年1月10日三讀通過，修正重點如下：
一、自100年度起實施噸位稅，經營海運業務之我國營利事業於符合一定條件，其海運業務收入，得選擇以船舶淨噸位推計所得課稅。
二、自100年度起實施反自有資本稀釋課稅制度，營利事業對關係人之負債占業主權益超過一定比率者，其超過部分之利息支出，不得列為費用或損失。
三、綜合所得稅結算申報案件經查核結果符合一定情形（如依申報數退稅、應補或應退稅稅款為0或符合免徵免退規定）者，稽徵機關得以公告方式通知納稅義務人，免個別寄發核定稅額通知書。
四、營利事業帳載應付未付款項，逾請求權時效未給付者，應轉列其他收入及商品存貨估價得採成本與淨變現價值孰低法等，縮短財務會計與稅務法令之差異規定。
財政部表示，本次立法通過之所得稅法部分條文，除使我國所得稅制符合國際趨勢及落實「增效率」、「廣稅基」及「簡稅政」之賦稅改革目標外，並預期可達成下列效益：
一、實施噸位稅並配合完善配套，可增加國輪回籍誘因，振興我國海運事業及其關聯產業。實施該制度之營利事業所得稅稅收損失數約17億元，預計增加噸位稅稅收約0.3億元，因增加國內船員就業、創造股東利潤等，誘發稅收利益約25.6億元，估計每年可淨增加稅收8.9億元。
二、建立反自有資本稀釋課稅制度與國際接軌，有效防杜租稅規避並適度提升租稅公平。實施該制度除有助於健全產業資本結構，避免稅基流失外，估計每年可增加稅收16.32億元。
三、簡化部分綜合所得稅核定稅額通知書採公告方式送達，減輕國庫經費負擔，並兼顧納稅義務人權利之保護及稽徵作業簡便。
四、使稅法規定與財務會計處理趨於一致，簡化營利事業所得稅申報，並核實反映營利事業之盈餘，合理課稅。
財政部對立法委員鼎力協助促使本法案順利完成立法，表示感謝，並進一步表示，將儘速修正所得稅法施行細則及相關子法規，俾使新制順利實施。
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